Bioconductor是一個旨在開發和共享開源軟件的項目，專注于生物數據分析的精確性和可重復性。該項目促進了一個包容和協作的開發者及數據科學家社區，使用R統計編程語言，每年發布兩次，并擁有活躍的用戶社區。

OmniPath是一個分子生物學先驗知識數據庫，由Saez Lab和Korcsmaros Lab開發。它整合了100多個資源的數據，包含蛋白質-蛋白質和基因調控互作、酶-PTM關系、蛋白質復合體、蛋白質注釋以及細胞間通訊。OmniPath提供多種工具和接口，如R/Bioconductor包OmnipathR、Python客戶端和Cytoscape插件，支持用戶構建和分析信號網絡。

Rfam是一個由人工策劃的非編碼RNA家族集合，提供序列比對、共識二級結構和預測的同源物。它由Rfam團隊維護，數據可通過FTP、API和公共MySQL數據庫訪問，遵循CC0許可，鼓勵數據的自由使用和科學共享。

BioCompute Portal是一個遵循IEEE 2791-2020標準的生物信息學分析工作流文檔化平臺，旨在促進研究人員、聯邦機構和工業界之間的溝通。該平臺提供BioCompute對象（BCOs）的創建、搜索和查看功能，支持JSON格式，并擁有開源架構存儲于GitLab。BioCompute還開展試點項目，旨在標準化計算工作流的提交和審查，以提高與FDA的溝通效率。