Bioconductor是一個(gè)旨在開發(fā)和共享開源軟件的項(xiàng)目，專注于生物數(shù)據(jù)分析的精確性和可重復(fù)性。該項(xiàng)目促進(jìn)了一個(gè)包容和協(xié)作的開發(fā)者及數(shù)據(jù)科學(xué)家社區(qū)，使用R統(tǒng)計(jì)編程語言，每年發(fā)布兩次，并擁有活躍的用戶社區(qū)。

OmniPath是一個(gè)分子生物學(xué)先驗(yàn)知識(shí)數(shù)據(jù)庫(kù)，由Saez Lab和Korcsmaros Lab開發(fā)。它整合了100多個(gè)資源的數(shù)據(jù)，包含蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)和基因調(diào)控互作、酶-PTM關(guān)系、蛋白質(zhì)復(fù)合體、蛋白質(zhì)注釋以及細(xì)胞間通訊。OmniPath提供多種工具和接口，如R/Bioconductor包OmnipathR、Python客戶端和Cytoscape插件，支持用戶構(gòu)建和分析信號(hào)網(wǎng)絡(luò)。

Rfam是一個(gè)由人工策劃的非編碼RNA家族集合，提供序列比對(duì)、共識(shí)二級(jí)結(jié)構(gòu)和預(yù)測(cè)的同源物。它由Rfam團(tuán)隊(duì)維護(hù)，數(shù)據(jù)可通過FTP、API和公共MySQL數(shù)據(jù)庫(kù)訪問，遵循CC0許可，鼓勵(lì)數(shù)據(jù)的自由使用和科學(xué)共享。

BioCompute Portal是一個(gè)遵循IEEE 2791-2020標(biāo)準(zhǔn)的生物信息學(xué)分析工作流文檔化平臺(tái)，旨在促進(jìn)研究人員、聯(lián)邦機(jī)構(gòu)和工業(yè)界之間的溝通。該平臺(tái)提供BioCompute對(duì)象（BCOs）的創(chuàng)建、搜索和查看功能，支持JSON格式，并擁有開源架構(gòu)存儲(chǔ)于GitLab。BioCompute還開展試點(diǎn)項(xiàng)目，旨在標(biāo)準(zhǔn)化計(jì)算工作流的提交和審查，以提高與FDA的溝通效率。

杰克遜實(shí)驗(yàn)室（The Jackson Laboratory）是一家領(lǐng)先的非營(yíng)利性生物醫(yī)學(xué)研究機(jī)構(gòu)，專注于遺傳學(xué)、基因組學(xué)和老化研究。其主營(yíng)業(yè)務(wù)包括開展關(guān)鍵性研究以預(yù)測(cè)、治療和改變疾病進(jìn)程，提供癌癥研究培訓(xùn)，以及開發(fā)和應(yīng)用先進(jìn)的生物技術(shù)，如AI驅(qū)動(dòng)的監(jiān)測(cè)解決方案和單細(xì)胞質(zhì)譜技術(shù)，以解碼復(fù)雜疾病。

Cybertaxonomy平臺(tái)是一個(gè)開源工具和服務(wù)集合，覆蓋生物學(xué)中描述、分類和命名生物群的全工作流程。它包括分類編輯、數(shù)據(jù)發(fā)布、存儲(chǔ)交換、標(biāo)本收集、描述、野外工作、文獻(xiàn)和地理等模塊，核心是通用數(shù)據(jù)模型CDM。平臺(tái)提供TaxEditor、數(shù)據(jù)門戶、數(shù)據(jù)服務(wù)等組件，支持生物分類學(xué)研究。