2. 獲取API密鑰

自2018年12月1日起，NCBI提供了API密鑰，以提供對電子公用事業的更高級別的支持訪問。如果沒有API密鑰，任何站點（IP地址）每秒向E-utilities發送超過3個請求將收到錯誤消息。通過包含API密鑰，默認情況下，站點每秒最多可以發布10個請求。更高的價格可根據要求提供（vog.hin.mln.ibcn@seitilitue）。用戶現在可以從其NCBI帳戶的設置頁面獲取API密鑰（要創建帳戶，請訪問http://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/）。創建密鑰后，用戶應通過將其分配給API_key參數，將其包含在每個E-utility請求中。

Example request including an API key:

esummary.fcgi?db=pubmed&id=123456&api_key=ABCDE12345



Example error message if rates are exceeded:

{"error":"API rate limit exceeded","count":"11"}

每個NCBI帳戶只允許一個API密鑰;但是，用戶可以隨時請求新密鑰。此類請求將使與該NCBI帳戶相關聯的任何現有API密鑰無效。

3. 代碼接入

輸入：文本查詢

匯總輸出：XML文檔摘要

EFetch輸出：記錄的數據記錄（例如摘要、FASTA）

# Download PubMed records that are indexed in MeSH for both asthma and

# leukotrienes and were also published in 2009.



$db = 'pubmed';

$query = 'asthma[mesh]+AND+leukotrienes[mesh]+AND+2009[pdat]';



#assemble the esearch URL

$base = 'https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/';

$url = $base . "esearch.fcgi?db=$db&term=$query&usehistory=y";



#post the esearch URL

$output = get($url);



#parse WebEnv and QueryKey

$web = $1 if ($output =~ /(S+)/);

$key = $1 if ($output =~ /(d+)/);



### include this code for ESearch-ESummary

#assemble the esummary URL

$url = $base . "esummary.fcgi?db=$db&query_key=$key&WebEnv=$web";



#post the esummary URL

$docsums = get($url);

print "$docsums";



### include this code for ESearch-EFetch

#assemble the efetch URL

$url = $base . "efetch.fcgi?db=$db&query_key=$key&WebEnv=$web";

$url .= "&rettype=abstract&retmode=text";



#post the efetch URL

$data = get($url);

print "$data";

4. 常見問題

__Q：如何找到PubMed API__

A：冪簡集成是國內領先的API集成管理平臺，專注于為開發者提供全面、高效、易用的API集成解決方案。冪簡API平臺可以通過以下兩種方式找到所需API：通過關鍵詞搜索API(例如，輸入’PubMed API‘這類品類詞，更容易找到結果)、或者從API hub分類頁進入尋找。

Q：如何搜索PubMed？____
A：

1. 確定搜索的關鍵概念。
2. 在搜索框中輸入術語（或關鍵概念）。
3. 按Enter鍵或單擊搜索。

Q：我檢索了太多引用。如何集中搜索？____
A：要限制搜索結果的數量：

• 用更具體的搜索詞替換一般搜索詞（例如，背部疼痛而不是背部疼痛）。
• 在您的查詢中包含其他術語。
• 使用側邊欄過濾器可以通過發布日期、全文可用性、文章類型等來限制結果。

Q：我檢索的引文太少了。如何擴大搜索范圍？____
A：

• 在引文的摘要頁面上，請參閱類似文章部分，以獲得與該文章密切相關的其他PubMed引文的預先計算集。
• 從搜索框中刪除無關的或特定的術語。
• 嘗試使用替代術語來描述您正在搜索的概念。

Q：查找特定引文____
A：將文章標題粘貼到搜索框中，或在搜索框中輸入引文詳細信息，如作者，期刊名稱和文章發表的年份，PubMed引文傳感器將自動分析您的引文信息查詢，以返回正確的引文。引文傳感器采用了模糊匹配算法，即使搜索包含錯誤的術語，也會檢索到最佳匹配。不需要使用字段標記或布爾運算符。

Q：按作者搜索____

A：在搜索框中輸入作者的姓氏和首字母（不帶標點符號），然后單擊“搜索”。

如果您只知道作者的姓氏，請使用作者搜索字段標記[Au]，例如，布羅迪[Au]。

使用姓氏+首字母格式輸入的姓名（例如，smith ja）或全名格式（john a smith），并且如果在PubMed中存在，則不作為作者和合作者進行檢索。

按自然順序或倒序輸入完整的作者姓名，例如，julia s wong或wong julia s。

__Q：PubMed API的替代品有哪些？__

提供AI大模型API的服務商除了PubMed API，還有其他替代服務商也提供類似api服務，例如：

云數互聯 API開放平臺、uniprot API開放平臺、nudgify API開放平臺

更多競品可以在冪簡集成開放平臺中找到。

Q：PubMed API這個密鑰還適用于哪些api？

為大型數據集的每個成員查找唯一的鏈接記錄集、檢索大型數據集

5. 總結

本文“如何獲取PubMed API開放平臺訪問密鑰分步指南”為科研工作者與開發者們提供了一份詳盡、實用的操作手冊，全面而清晰地闡述了獲取PubMed API訪問密鑰的全過程。從在PubMed API開放平臺注冊賬號開始，經過開發者身份認證，直至最終成功獲取API訪問密鑰，每一步操作都配以詳盡的說明和細致的指導，確保讀者能夠輕松、準確地完成整個流程。

本文還特別強調了獲取訪問密鑰后，進行API可用性測試的重要性。通過測試，可以確保PubMed API能夠順利集成到科研應用或數據分析系統中，并發揮出最佳效果，這對于提升科研效率、加速成果轉化具有重要意義。這份指南為科研工作者與開發者們提供了一個全面、詳盡且實用的指導，幫助他們順利獲取PubMed API訪問密鑰，并將這一強大的生物醫學信息檢索與分析能力有效地集成到應用中，從而為生物醫學研究與臨床實踐提供更加精準、高效的數據支持。